科学研究与知识追求推动着美国的创新、经济成就和全球领导力。关于拓展人类认知的承诺是包括哈佛大学这个国家历史最悠久的高等教育机构在内的所有美国大学的基石。自从将近四个世纪前成立以来，哈佛大学的学生，教职工和研究人员有帮助识别和解决社会中最为紧迫的问题。这些具有开创性和拯救生命的成就归功于追溯到第二次世界大战时期包括哈佛大学在内的高校与联邦政府持续不断的协作。数百万计的美国公民因此更为健康、更安全。联邦财政资助有使哈佛大学内的研究人员研制新型药品对抗帕金森和阿尔兹海默症，设计保护军人和急救人员的纳米纤维，支持美国航空员进入太空，并建构可用于诊断和治疗癌症的人工智能系统。
最近几周内，联邦政府对促成这些宝贵研究使之为可能的重要资金关系发起了全面的攻击。目前，联邦政府已经——没有任何警告以及缺乏合理解释的情况下——切断了对布朗大学、哥伦比亚大学、康奈尔大学、普林斯顿大学、宾夕法尼亚大学和西北大学在内的美国高校数十亿美元的联邦资金资助。本案涉及联邦政府试图以扣留联邦资金为筹码，控制哈佛大学的学术决策。
2025年4月11日，以对反犹主义和意识形态的忧虑为借口，联邦政府提出了哈佛大学不得不满足的十项条件来获得研究资金，这些研究资金美国政府已经承诺且是哈佛大学及其研究人员和附属机构赖以运作的重要资金来源。联邦政府命令哈佛大学“改革和重构”自身的治理框架，以“削弱”特定学生和教职员工的“权力”。它还要求哈佛大学雇佣第三方机构对哈佛大学学生群体、教职员工的意识形态进行审查。再根据全校范围内意识形态审查结果，哈佛大学必须“雇佣足够数量的新教员”和“招录足够数量的新学生”，以按照政府单方面制定的标准实现令其满意的”意识形态多元化”。联邦政府还有要求哈佛大学终止或改革它的学术“项目”来迎合政府喜好。综上所述，政府向哈佛大学及其他高校提出的交换条件十分明确：要么允许联邦政府对学术机构进行事无巨细的管理，要么损害学术机构追求医学突破、科学发现和革新研究方案的能力。
哈佛大学致力于“打击反犹主义这一最阴险的偏执形式”并“在校园范围内扩展知识和观点多样性”。哈佛大学积极采取结构性改革促成二者的实现。尽管已迈出重大步伐，哈佛大学也认识到仍有大量工作要做。哈佛大学也充分认识到其必须遵守所有联邦法律，包括1964年《民权法案》第六篇（Title VI）。
但正如哈佛大学上周致联邦政府的信中明确表示，“哈佛大学或任何私立大学不允许自身被联邦政府接管”。引用哈佛大学校长Alan M. Garber的话来说，“大学绝不交出它的自主权，也不会放弃其宪法权利”。没有任何政府——不管哪个政党执政——应该裁判私立大学可以教授什么，它们应该录取或雇佣什么人，以及它们应该探索或追求学术的什么领域。
作为对哈佛大学捍卫自身宪法自由的回应，联邦政府宣布冻结“哈佛大学22亿美元的多年期赠款和6000万美元的多年期合同金额”。在冻结法案发布后的数小时内，哈佛大学开始收到停工令。冻结联邦资助资金相当于最终的机构行动，已使极其重要的医药、科学、技术和其他研究面临风险，且风险与日蔓延。就在昨天，据报道联邦政府“计划再撤回哈佛大学十亿美元的健康研究计划资金”。
被告政府的行为属非法行为。第一修正案不允许政府“干预私人行为者的言论来推进自身的意识形态平衡”。政府试图胁迫和控制哈佛大学的行为无视这些捍卫哈佛大学“学术自由”第一修正案的基本原则。这种对哈佛大学学术自由的威胁，对校园内开展的研究和因此产生的成果构成了同等程度的打击。
这些致命的程序缺陷，因被告政府武断且反复无常地突然作出不加区分的决定而进一步加剧。甚至在冻结前夕，联邦政府恐吓终止高达87亿美元的财政资金，不仅针对哈佛大学，同时包括声名卓著的波士顿医院，马萨诸塞总医院、贝斯以色列女执事医疗中心、布列根和妇女医院、波士顿儿童医院以及丹娜 – 法伯癌症研究所。这些医院是独立的法人实体，拥有自己的董事会或受托人，以及独立的高管、领导层和管理层。它们不受哈佛大学的控制，且拥有自己的税务识别号、捐赠基金和账户。它们可直接从联邦机构获得联邦财政援助，而不是通过哈佛大学。
联邦政府没有——也无法——证明反犹主义担忧与医药、科学、技术和其他研究之间存在任何合理关联，它是在冻结拯救美国公民生命、催生美国成就、维护美国安全和保持美国在创新领域全球领导者地位的目的。联邦政府也未意识到，对数十亿美元联邦研究资金的无限期冻结，将对哈佛大学的研究项目、研究受益方，以及推动美国创新与进步的国家利益产生重大影响。
被告政府恐吓哈佛大学的学术独立，将校园内开展关键开创性的救命研究置于风险之中。这也是联邦政府为了惩罚哈佛大学捍卫其宪法权利所做出广泛努力的一部分。在哈佛大学严词拒绝联邦政府的违宪要求后，联邦政府已针对哈佛大学启动多项调查和采取其他举措。尽管联邦政府表示已多次联系哈佛大学，但它从未撤回在4月11日信件中提出的苛刻要求。此外，政府只是加大了资金削减、调查和威胁的力度，这将损害来自美国各州乃至全世界学生的利益，也将妨碍改善数百万美国公民生活的研究。
原告哈佛大学校长及校董会依据《美利坚合众国宪法》、《行政程序法》以及经修订的1964年《民权法案》第六章（《美国法典》第42编第2000d-2节），提起本民事诉讼，旨在禁止被告超越其法定权限，并维护哈佛大学享有的宪法权利。